Tóm lược: Thông tư 121/2025/TT-BTC Sửa đổi Quy định về Hải quan và Thuế đối với Hàng hóa Xuất Nhập khẩu

Thông tư số 121/2025/TT-BTC, ban hành ngày 18 tháng 12 năm 2025, sửa đổi và bổ sung một số điều của các thông tư trước đây, chủ yếu là Thông tư 38/2015/TT-BTC và Thông tư 39/2018/TT-BTC. Văn bản này thể hiện một bước tiến quan trọng trong việc hiện đại hóa, số hóa và làm rõ các quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Các điểm chính cần lưu ý:

1. Đẩy mạnh Điện tử hóa: Thông tư nhấn mạnh việc thực hiện các thủ tục hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Người khai hải quan có trách nhiệm nộp hầu hết các chứng từ dưới dạng điện tử và tự chịu trách nhiệm về tính chính xác của thông tin. Đáng chú ý, tài khoản VNeID có thể được sử dụng để đăng ký tham gia kết nối với Hệ thống.

2. Chi tiết hóa Hồ sơ Hải quan: Các yêu cầu về hồ sơ được quy định lại một cách toàn diện và chi tiết cho nhiều trường hợp cụ thể, bao gồm hàng hóa không chịu thuế, miễn thuế, giảm thuế, và không thu thuế. Điều này nhằm tăng cường tính minh bạch và đảm bảo tuân thủ đầy đủ các quy định pháp luật.

3. Chuẩn hóa Quy trình Sửa đổi và Hủy Tờ khai: Thông tư cung cấp hướng dẫn rõ ràng về các trường hợp và thủ tục khai bổ sung hồ sơ hải quan (trước, trong và sau thông quan) cũng như các điều kiện để hủy tờ khai. Điều này tạo ra một khuôn khổ pháp lý nhất quán và dễ dự đoán cho doanh nghiệp.

4. Tăng cường Cơ chế Kiểm tra và Xác định Trị giá: Quy trình kiểm tra tên hàng, mã số, mức thuế và đặc biệt là trị giá hải quan được siết chặt. Một cơ chế "tham vấn" chi tiết được đưa ra khi có nghi vấn về trị giá, bao gồm các hình thức tham vấn trực tiếp và gián tiếp. Đáng chú ý là quy định về "tham vấn một lần, sử dụng kết quả nhiều lần" cho các doanh nghiệp tuân thủ tốt, giúp giảm bớt gánh nặng thủ tục.

5. Cập nhật Quy định cho Hoạt động Gia công và Sản xuất Xuất khẩu: Đây là một trong những phần được sửa đổi sâu rộng nhất, với các quy định mới về việc thông báo cơ sở sản xuất, kiểm tra năng lực sản xuất, và đặc biệt là báo cáo quyết toán. Doanh nghiệp có thể lựa chọn giữa việc cung cấp dữ liệu theo thời gian thực hoặc nộp báo cáo quyết toán định kỳ hàng năm, tạo sự linh hoạt trong quản lý.

6. Siết chặt Giám sát Vận chuyển Hàng hóa: Các quy định về giám sát hàng hóa vận chuyển giữa các địa điểm hải quan (bao gồm quá cảnh, trung chuyển, chuyển cửa khẩu) được làm rõ, đặc biệt là các yêu cầu về niêm phong hải quan và trách nhiệm của các bên liên quan.

Nhìn chung, Thông tư 121/2025/TT-BTC hướng tới mục tiêu xây dựng một môi trường hải quan hiện đại, minh bạch và hiệu quả hơn, đồng thời tăng cường công tác quản lý rủi ro và chống gian lận thương mại.

--------------------------------------------------------------------------------

Phân tích Chi tiết

1. Hiện đại hóa và Điện tử hóa Thủ tục Hải quan

Thông tư đặt trọng tâm vào việc chuyển đổi số trong lĩnh vực hải quan, giảm thiểu thủ tục giấy tờ và tăng cường tương tác qua hệ thống điện tử.

• Nộp hồ sơ qua Hệ thống điện tử (Điều 3):

    ◦ Người khai hải quan không cần nộp bản giấy tờ khai hải quan khi thực hiện các thủ tục liên quan đến thuế như miễn, giảm, hoàn thuế (trừ trường hợp khai giấy).

    ◦ Toàn bộ chứng từ thuộc hồ sơ hải quan và các hồ sơ liên quan khác phải được khai, nộp thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

    ◦ Người khai hải quan tự chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của các chứng từ đã nộp.

    ◦ Các chứng từ đã có trên Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc Cổng dịch vụ công trực tuyến thì người khai hải quan không phải nộp lại.

• Điều kiện tham gia Hệ thống điện tử (Điều 6):

    ◦ Các tổ chức, cá nhân phải đăng ký tham gia kết nối với Hệ thống để được cấp tài khoản. Đáng chú ý, tài khoản VNeID có thể được sử dụng để đăng ký.

    ◦ Phải trang bị đầy đủ hạ tầng kỹ thuật và sử dụng phần mềm khai hải quan tương thích với Hệ thống của cơ quan hải quan.

2. Yêu cầu chi tiết về Hồ sơ Hải quan (Điều 16)

Thông tư hệ thống hóa và chi tiết hóa các loại chứng từ cần nộp cho từng loại hình xuất nhập khẩu và các chế độ thuế khác nhau.

• Hồ sơ chung cho Hàng Xuất khẩu và Nhập khẩu:

    ◦ Xuất khẩu: Tờ khai hải quan, hóa đơn thương mại, giấy phép xuất khẩu, giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành, và các chứng từ khác tùy thuộc vào tư cách của người xuất khẩu (ví dụ: doanh nghiệp FDI, thương nhân nước ngoài).

    ◦ Nhập khẩu: Tờ khai hải quan, hóa đơn thương mại, vận đơn, giấy phép nhập khẩu, giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành, tờ khai trị giá, chứng từ chứng nhận xuất xứ, và các giấy tờ khác liên quan.

• Hồ sơ cho các Trường hợp Đặc thù về Thuế:

    ◦ Hàng không thuộc đối tượng chịu thuế: Yêu cầu các văn bản phê duyệt dự án, quyết định viện trợ (đối với hàng ODA), hợp đồng, và các văn bản xác nhận từ cơ quan có thẩm quyền (đối với hàng phục vụ quốc phòng, an ninh, khoa học công nghệ).

    ◦ Hàng miễn thuế: Cần có các chứng từ đặc thù cho từng trường hợp như: Sổ định mức miễn thuế (đối với đối tượng ưu đãi), giấy phép lao động (tài sản di chuyển), văn bản thỏa thuận biếu tặng, giấy tờ chứng minh cư dân biên giới, hợp đồng gia công, và các giấy phép/chứng nhận liên quan đến bảo vệ môi trường, an ninh quốc phòng.

    ◦ Hàng giảm thuế: Yêu cầu công văn đề nghị, hợp đồng bảo hiểm, biên bản xác nhận nguyên nhân thiệt hại từ các cơ quan chức năng (cảnh sát PCCC, UBND xã/phường), và giấy chứng nhận giám định về số lượng tổn thất.

    ◦ Hàng không thu thuế (tái nhập/tái xuất): Cần công văn đề nghị, chứng từ thanh toán, hợp đồng, và văn bản thông báo của khách hàng nước ngoài hoặc hãng vận tải về việc trả lại hàng.

• Lưu giữ Hồ sơ (Điều 16a):

    ◦ Người khai hải quan phải lưu giữ bản chính của toàn bộ hồ sơ hải quan (có thể dưới dạng điện tử hoặc giấy) trong thời hạn quy định tại Luật Hải quan để xuất trình khi có kiểm tra sau thông quan.

    ◦ Chủ hàng chịu trách nhiệm lưu giữ hồ sơ, trừ trường hợp chủ hàng là thương nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam thì đại lý làm thủ tục hải quan chịu trách nhiệm.

3. Quy trình Khai báo, Sửa đổi và Hủy Tờ khai

• Đăng ký Tờ khai (Điều 19):

    ◦ Quy định rõ địa điểm đăng ký tờ khai cho từng loại hình (hàng xuất khẩu, nhập khẩu, và các loại hình cụ thể khác).

    ◦ Hệ thống sẽ tự động kiểm tra các điều kiện đăng ký, bao gồm: người khai hải quan không bị áp dụng biện pháp cưỡng chế dừng làm thủ tục, tình trạng hoạt động của doanh nghiệp, và tính đầy đủ, phù hợp của thông tin khai báo.

• Khai bổ sung (Điều 20):

    ◦ Thời điểm khai bổ sung:

        ▪ Trong thông quan: Được phép khai bổ sung trước khi có kết quả phân luồng; hoặc sau khi phân luồng nhưng trước khi thông quan (sẽ bị xử lý theo quy định).

        ▪ Sau thông quan: Được phép khai bổ sung trong vòng 60 ngày kể từ ngày thông quan (trước khi có quyết định kiểm tra sau thông quan); hoặc sau 60 ngày (sẽ bị xử lý theo quy định).

    ◦ Thủ tục: Người khai hải quan khai bổ sung trên hệ thống điện tử và nộp các chứng từ liên quan. Thông tư cũng quy định chi tiết các trường hợp cụ thể như thay đổi cảng xếp hàng, cửa khẩu xuất, sai lệch số container, sai lệch số lượng hàng rời.

• Hủy Tờ khai (Điều 22):

    ◦ Các trường hợp hủy:

        ▪ Quá thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký mà hàng chưa đến cửa khẩu (nhập khẩu) hoặc chưa đưa vào khu vực giám sát (xuất khẩu).

        ▪ Tờ khai đăng ký nhưng thực tế không có hàng hóa xuất/nhập khẩu.

        ▪ Khai sai các chỉ tiêu thông tin không được phép sửa đổi.

        ▪ Tờ khai xuất/nhập khẩu tại chỗ nhưng bên đối ứng không mở tờ khai trong thời hạn quy định.

    ◦ Thủ tục: Người khai hải quan gửi đề nghị hủy qua hệ thống. Cơ quan hải quan kiểm tra và thực hiện hủy trong 08 giờ làm việc.

4. Tăng cường Kiểm tra và Xác định Trị giá

• Kiểm tra Tên hàng, Mã số HS và Mức thuế (Điều 24):

    ◦ Cơ quan hải quan kiểm tra tính chính xác của khai báo dựa trên hồ sơ và kiểm tra thực tế.

    ◦ Nếu phát hiện sai sót, cơ quan hải quan yêu cầu người khai khai bổ sung. Nếu người khai không thực hiện, hải quan sẽ ấn định thuế và xử lý vi phạm.

    ◦ Trường hợp chưa đủ cơ sở xác định, hải quan có thể yêu cầu bổ sung tài liệu kỹ thuật hoặc yêu cầu phân tích, giám định.

• Kiểm tra Trị giá Hải quan và Quy trình Tham vấn (Điều 25):

    ◦ Đối tượng: Hàng hóa thuộc diện kiểm tra chi tiết hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế.

    ◦ Xử lý khi có nghi vấn:

        ▪ Trường hợp có đủ cơ sở bác bỏ trị giá: Hải quan ban hành Thông báo trị giá, yêu cầu khai bổ sung trong 5 ngày. Nếu không, hải quan sẽ ấn định thuế.

        ▪ Trường hợp nghi vấn về trị giá: Hải quan thông báo nghi vấn và đề nghị tham vấn, đồng thời giải phóng hàng.

    ◦ Quy trình Tham vấn:

        ▪ Hình thức: Tham vấn trực tiếp hoặc tham vấn gián tiếp (qua hệ thống). Doanh nghiệp tuân thủ cao được lựa chọn hình thức.

        ▪ Thời gian: Tối đa 30 ngày kể từ ngày giải phóng hàng.

        ▪ Kết quả: Dựa trên kết quả tham vấn, hải quan có thể chấp nhận trị giá khai báo, bác bỏ trị giá và yêu cầu khai bổ sung, hoặc ấn định thuế.

    ◦ Tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần:

        ▪ Áp dụng cho doanh nghiệp có mức độ tuân thủ cao.

        ▪ Kết quả tham vấn có hiệu lực trong 06 tháng cho các lô hàng tiếp theo nếu thỏa mãn các điều kiện (cùng tên hàng, mã HS, xuất xứ, người bán, người mua, v.v.).

5. Giám sát Vận chuyển Hàng hóa

• Phân loại và Quy định Niêm phong (Điều 50):

    ◦ Phân biệt rõ hàng hóa vận chuyển theo hình thức vận chuyển độc lập (quá cảnh, trung chuyển, chuyển cửa khẩu) và vận chuyển kết hợp (hàng đã đăng ký tờ khai tại hải quan ngoài cửa khẩu vận chuyển đến cửa khẩu xuất).

    ◦ Liệt kê các trường hợp bắt buộc niêm phong hải quan (hàng vận chuyển độc lập/kết hợp, hàng tạm nhập tái xuất, hàng buộc tái xuất) và các trường hợp không phải niêm phong (hàng miễn kiểm tra thực tế, hàng rời, hàng quá khổ, hàng còn nguyên niêm phong hãng vận chuyển).

• Thủ tục Hải quan (Điều 51, 51a, 51b):

    ◦ Trách nhiệm người khai hải quan: Khai tờ khai vận chuyển độc lập qua hệ thống, sử dụng phương tiện đủ điều kiện, và bảo quản nguyên trạng hàng hóa, niêm phong trong suốt quá trình vận chuyển.

    ◦ Trách nhiệm hải quan nơi đi: Kiểm tra hồ sơ, phê duyệt tờ khai, thực hiện niêm phong (nếu có), và cập nhật thông tin hàng đi vào hệ thống.

    ◦ Trách nhiệm hải quan nơi đến: Tiếp nhận hàng, kiểm tra tình trạng niêm phong, và cập nhật thông tin hàng đến vào hệ thống.

    ◦ Thông tư cũng quy định chi tiết thủ tục cho hàng quá cảnh và hàng trung chuyển tại cảng biển.

6. Quy định cho Hoạt động Gia công và Sản xuất Xuất khẩu

Đây là phần được sửa đổi, bổ sung sâu rộng, nhằm quản lý chặt chẽ và hiệu quả hơn.

• Định mức và Phế liệu (Điều 55):

    ◦ Tổ chức, cá nhân phải xây dựng định mức thực tế sản xuất (lượng nguyên liệu thực tế sử dụng để tạo ra một đơn vị sản phẩm) và thông báo cho hải quan khi báo cáo quyết toán.

    ◦ Làm rõ định nghĩa về phế liệu, phế phẩm, phế thải.

• Thông báo và Kiểm tra Cơ sở sản xuất (CSSX) (Điều 56, 57):

    ◦ Thông báo: Trước khi hoạt động, tổ chức, cá nhân (bao gồm cả DNCX) phải thông báo CSSX, nơi lưu giữ nguyên liệu, hợp đồng gia công cho cơ quan hải quan qua hệ thống điện tử.

    ◦ Kiểm tra: Cơ quan hải quan sẽ tiến hành kiểm tra CSSX trong các trường hợp: lần đầu, có dấu hiệu rủi ro, hoặc kiểm tra ngẫu nhiên. Nội dung kiểm tra bao gồm địa chỉ, nhà xưởng, máy móc thiết bị, nhân lực, và năng lực sản xuất thực tế. Đối với DNCX, hải quan kiểm tra cả các điều kiện giám sát đặc thù.

• Báo cáo Quyết toán (Điều 60):

    ◦ Phương thức báo cáo: Doanh nghiệp được lựa chọn một trong hai hình thức:

        1. Cung cấp thông tin theo thời gian thực: Kết nối hệ thống quản trị sản xuất của doanh nghiệp với hệ thống của hải quan để truyền dữ liệu nhập-xuất-tồn.

        2. Báo cáo định kỳ: Nộp báo cáo quyết toán theo năm tài chính, chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính.

    ◦ Nội dung báo cáo: Báo cáo tình hình xuất-nhập-tồn kho nguyên liệu, vật tư và thành phẩm; thông báo định mức thực tế sản xuất.

    ◦ Kiểm tra báo cáo: Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra báo cáo quyết toán dựa trên quản lý rủi ro. Nếu phát hiện vi phạm, sẽ tiến hành kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp hoặc kiểm tra sau thông quan.

• Xử lý các tình huống khác:

    ◦ Gia công lại (Điều 62): Tổ chức ký hợp đồng với thương nhân nước ngoài chịu trách nhiệm chính và phải thông báo hợp đồng gia công lại cho hải quan. Hàng hóa giao nhận giữa các bên trong nước không phải làm thủ tục hải quan.

    ◦ Xử lý nguyên liệu dư thừa, phế phẩm (Điều 64): Quy định các hình thức xử lý (bán tại Việt Nam, tái xuất, chuyển hợp đồng khác, biếu tặng, tiêu hủy) và thủ tục hải quan tương ứng cho từng hình thức.