TỔNG HỢP QUY ĐỊNH VỀ THỦ TỤC HẢI QUAN, KIỂM TRA GIÁM SÁT VÀ QUẢN LÝ THUẾ ĐỐI VỚI HÀNG HÓA XUẤT NHẬP KHẨU ÁP DỤNG TỪ THÁNG 2 NĂM 2026

Tài liệu này tổng hợp các nội dung trọng tâm từ ba văn bản pháp quy cốt lõi của Bộ Tài chính Việt Nam: Thông tư 38/2015/TT-BTC, Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC. Đây là bộ khung pháp lý toàn diện quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.

Điểm nổi bật của các quy định này là sự chuyển dịch mạnh mẽ sang quản lý rủi ro, đẩy mạnh hiện đại hóa thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và xác lập rõ ràng trách nhiệm tự kê khai, tự chịu trách nhiệm của người khai hải quan. Tài liệu cung cấp lộ trình chi tiết từ khâu quy định chung, quản lý rủi ro, thủ tục khai báo, đến các chế độ thuế và kiểm tra sau thông quan.

1. Quy định chung và Hệ thống kỹ thuật

Phạm vi điều chỉnh và Đối tượng áp dụng

Các Thông tư này điều chỉnh toàn diện các hoạt động hải quan và quản lý thuế. Tuy nhiên, một số loại hình hàng hóa đặc thù có hướng dẫn riêng bao gồm:

• Hàng hóa bán tại cửa hàng miễn thuế.

• Bưu gửi và hàng hóa qua dịch vụ chuyển phát nhanh.

• Xăng dầu và các nguyên liệu liên quan.

• Khí và khí dầu mỏ hóa lỏng (LPG).

Quyền và nghĩa vụ của người khai hải quan

Người khai hải quan và người nộp thuế có vai trò chủ động trong quy trình:

• Tự kê khai: Đầy đủ, chính xác, trung thực các tiêu chí trên tờ khai và chứng từ.

• Tự xác định nghĩa vụ thuế: Chịu trách nhiệm trước pháp luật về số thuế phải nộp, số thuế miễn, giảm hoặc hoàn.

• Chuyển đổi mục đích sử dụng: Phải khai báo mới khi thay đổi đối tượng không chịu thuế hoặc mục đích miễn thuế (theo quy định tại Điều 21).

Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (Hệ thống)

• Chữ ký số: Phải được cung cấp bởi tổ chức chứng thực công cộng hoặc nước ngoài được công nhận, tương thích với Hệ thống và đăng ký với cơ quan hải quan.

• Điều kiện kết nối: Tổ chức, cá nhân phải đăng ký tài khoản (có thể sử dụng tài khoản VNeID theo Thông tư 121/2025), đảm bảo hạ tầng kỹ thuật và sử dụng phần mềm khai báo phù hợp.

• Truy cập thông tin: Các đối tượng bao gồm công chức hải quan, người khai hải quan, đại lý làm thủ tục, ngân hàng và các doanh nghiệp kinh doanh cảng/kho bãi.

2. Quản lý rủi ro trong hoạt động hải quan

Cơ quan hải quan áp dụng quản lý rủi ro để quyết định mức độ kiểm tra và giám sát.

Đánh giá tuân thủ doanh nghiệp

Doanh nghiệp được phân loại thành ba nhóm:

1. Doanh nghiệp ưu tiên.

2. Doanh nghiệp tuân thủ.

3. Doanh nghiệp không tuân thủ.

Biện pháp kiểm tra dựa trên rủi ro

• Kiểm tra trong quá trình xếp dỡ, lưu kho: Dựa trên tiêu chí về chủ hàng, đặc điểm hàng hóa, tuyến đường và lựa chọn ngẫu nhiên (không quá 1% tổng số hàng hóa).

• Phân luồng tờ khai: Hệ thống tự động thông báo phân luồng (Xanh, Vàng, Đỏ) để quyết định kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế.

• Kiểm tra sau thông quan: Áp dụng khi có dấu hiệu vi phạm hoặc rủi ro cao. Đối với doanh nghiệp tuân thủ, tỷ lệ kiểm tra đánh giá không quá 5% tổng số doanh nghiệp.

3. Thủ tục hải quan và Hồ sơ hải quan

Nguyên tắc nộp hồ sơ

• Ưu tiên hình thức dữ liệu điện tử thông qua Hệ thống.

• Nếu chứng từ đã có trên Cổng thông tin một cửa quốc gia/ASEAN thì người khai không phải nộp bản giấy.

• Đối với hồ sơ giấy: Bản chính phải nộp trực tiếp hoặc qua bưu chính; bản chụp phải được xác nhận, ký tên và đóng dấu bởi người khai.

Thành phần hồ sơ hải quan (Trọng tâm)

Xác định trước mã số, trị giá và xuất xứ

Người khai có quyền đề nghị cơ quan hải quan xác định trước các yếu tố này để chủ động trong kinh doanh. Hồ sơ bao gồm:

• Đơn đề nghị theo mẫu quy định.

• Tài liệu kỹ thuật, catalogue, hình ảnh hàng hóa.

• Mẫu hàng hóa (đối với xác định mã số).

• Hợp đồng mua bán, chứng từ thanh toán (đối với xác định trị giá).

4. Thuế và Quản lý thuế

Căn cứ và Phương pháp tính thuế

• Thời điểm tính thuế: Là ngày đăng ký tờ khai hải quan.

• Tỷ giá tính thuế: Thực hiện theo quy định tại thời điểm tính thuế.

• Phương pháp: Áp dụng thuế suất theo tỷ lệ phần trăm, thuế tuyệt đối hoặc thuế hỗn hợp.

• Các loại thuế khác: Bao gồm thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá và thuế chống trợ cấp.

Nộp thuế và Bảo lãnh

• Đồng tiền nộp thuế: Tiền Việt Nam đồng (trường hợp nộp bằng ngoại tệ thực hiện theo quy định).

• Hình thức: Nộp qua ngân hàng hoặc các tổ chức tín dụng có thỏa thuận thu nộp ngân sách.

• Bảo lãnh: Người khai có thể sử dụng bảo lãnh riêng hoặc bảo lãnh chung từ các tổ chức tín dụng để thông quan hàng hóa trước khi nộp thuế.

Miễn thuế, Giảm thuế, Hoàn thuế

• Miễn thuế: Áp dụng cho hàng quà biếu, quà tặng; hàng mẫu; hàng viện trợ không hoàn lại; hàng nhập khẩu theo dự án ưu đãi đầu tư.

• Hoàn thuế: Xử lý tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp, tiền phạt theo thủ tục tại Điều 129 và Điều 131.

5. Các loại hình xuất nhập khẩu đặc thù

Văn bản quy định chi tiết cho các hình thức kinh doanh khác ngoài xuất nhập khẩu thương mại thông thường:

• Hàng gia công cho thương nhân nước ngoài: Quy định về thông báo cơ sở sản xuất, định mức, báo cáo quyết toán và xử lý nguyên liệu dư thừa.

• Doanh nghiệp chế xuất (DNCX): Thủ tục đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra DNCX; thuê doanh nghiệp nội địa gia công và thanh lý tài sản.

• Tạm nhập - Tái xuất, Tạm xuất - Tái nhập: Quản lý và theo dõi tờ khai, thời hạn lưu hàng.

• Xuất nhập khẩu tại chỗ: Thủ tục phối hợp giữa người xuất khẩu và người nhập khẩu tại Việt Nam.

6. Kiểm tra sau thông quan và Xử lý vi phạm

Thu thập thông tin và Kiểm tra

Cơ quan hải quan thu thập thông tin để đánh giá rủi ro và thực hiện kiểm tra sau thông quan tại:

1. Trụ sở cơ quan hải quan.

2. Trụ sở người khai hải quan.

Nội dung kiểm tra

Kiểm tra tính chính xác, trung thực của nội dung khai báo, các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan, hồ sơ thuế và việc tuân thủ các quy định về quản lý hàng hóa xuất nhập khẩu.

7. Quy ước trình bày trong văn bản tổng hợp

Để thuận tiện cho việc tra cứu các nội dung sửa đổi qua các thời kỳ, tài liệu sử dụng quy ước màu sắc:

• Chữ đen, đứng: Nội dung nguyên bản từ Thông tư 38/2015.

• Chữ đen, nghiêng: Nội dung sửa đổi bởi Thông tư 39/2018.

• Chữ tím, đứng: Nội dung sửa đổi bởi Thông tư 121/2025.

• Chữ xanh, đứng: Nội dung mới hoàn toàn tại Thông tư 121/2025.

Tài liệu này được tổng hợp dựa trên các quy định pháp luật tính đến tháng 02/2026.